ETHIDIUM BROMIDE DAN ASAM NULEAT

Etidium merupakan sebuah molekul yang dapat mengikat kuat pada DNA. Etidium juga biasa digunakan dalam biokimia untuk memvisualisasi potong-potongan DNA yang telah di pisahkan pada gel elektroforesis. Molekul etidium berpendar fluor ketika diiluminasi dengan cahaya ultraviolet (UV) pada kisaran visible UV. Berikut ini merupakan gambar dari potongan hasil iluminasi setelah etidium mengikat pada DNA.

Etidium mengikat dengan cara menyisip di antara ikatan basa pada untai ganda DNA. Perlu diketahui bahwa struktur cincin etidium adalah hidrofobik dan mirip dengan struktur cincin pada DNA. Etidium dapat membentuk kontak van der Walls tertutup dengan pasangan basa dan hal ini merupakan jawaban bahwa mengapa etidium mengikat pada lokasi hidrofobik molekul DNA

Molekul yang mengikat pada lokasi tersebut dikenal dengan Agent inter khelat karena mengkhelat pada susunan DNA yang kokoh. Dengan demikian, etidium merusak pilin ganda (double helix) dan menghambat replikasi DNA transkripsi, perbaikan DNA, dan rekombinasi. Ini sebabnya intercalating agent berpotensi sebagai mutagen

Gambar di atas menunjukkan terjadinya gangguan pada struktur rangka Gula-Fosfat DNA ketika agent inter-khelat ini mengikat dan ini juga menunjukkan bahwa terjadinya perpanjangan DNA.

Perubahan ini perlu sekali untuk diperhatikan. Satu cara dalam pemisahan molekul DNA sirkular tertutup “closed circular DNA’s molecules” dari potongan linier adalah dengan perlakuan etidium bromida. Agent inter-khelat tidak mengikat pada DNA sirkuler tertutup sebab DNA tersebut tidak dapat memanjang lagi dan tidak memungkinkan untuk disisipi dengan partikel tertentu.

Normal plasmid DNA sirkuler dapat dipisahkan dari DNA linier dengan mengikatkan pada etidium karena mengikatnya etidium mengubah keseluruhan kerapatan DNA.

---

Daftar Pustaka

Moran,L., Mirault, M-E., Tissières, A., Lis, J., Schedl, P., Artavanis-Tsakonas, S., and Gehring, W. (1979) Physical Map of Two D. melanogaster DNA Segments Containing Sequences Coding for the 70,000 Dalton Heat Shock Protein. Cell 17:1-8.

Reha, D., Kabelác, M., Ryjácek, F., Sponer, J., Sponer, J.E., Elstner, M., Suhai, S., and Hobza, P. (2003) Intercalators. 1. Nature of stacking interactions between intercalators (ethidium, daunomycin, ellipticine, and 4′,6-diaminide-2-phenylindole) and DNA base pairs. Ab initio quantum chemical, density functional theory, and empirical potential study. J. Am. Chem. Soc. 124:3366-76.